En la investigación se determinaron cinco delitos de lesa humanidad, entre los que destaca la persecución “de manera sistemática y generalizada a los pueblos indígenas, afrocolombianos y las comunidades campesinas” de 17 municipios de las zonas priorizadas.  Así mismo, se determinaron siete crímenes de guerra, entre los que por primera vez se atribuyó la utilización, alistamiento o reclutamiento de niños y niñas; así como destrucción del medio ambiente.    

Además, esta investigación del tribunal especial señaló que algunos menores de edad fueron obligados a vincularse a las filas de la guerrilla y posteriormente fueron ejecutados en consejos de guerra.   

El auto sostiene que el reclutamiento fue una estrategia político-militar de la organización armada, que se presentó desde finales de la década de 1990 y tuvo un repunte en el 2011. El norte del Cauca y el sur del Valle fueron unas de las regiones con mayor número de casos, por la permanente presencia de la guerrilla en esa zona. La JEP identificó diferentes mecanismos que utilizaron los integrantes de la organización para atraer a los jóvenes a sus filas.     

Según se determinó por las declaraciones aportadas a la JEP la mayor parte de los menores reclutados pertenecían a comunidades indígenas o afrodescendientes, los registros reportan 321 niños y niñas reclutados de los cuales 280 casos se presentaron en el Cauca y 41 en el Valle; de estas víctimas, 214 eran niños (66%) y 101 niñas 31 (%). En relación con las edades se tiene establecido que por lo menos 81 eran menores de 15 años.