La polémica se centra en el artículo 38, que, según el representante del Centro Democrático Óscar Pérez, cambiaría la forma en que los hospitales públicos y otras instituciones de salud elaboran sus presupuestos. La oposición, representada por los partidos Cambio Radical y Centro Democrático, presentó una ponencia para archivar el documento alterno al que tramita el Gobierno.
Sin embargo, esta ponencia fue archivada en la Comisión Primera de Senado con 9 votos a favor de mantenerla y 5 en contra. Esto significa que la contrarreforma propuesta por la oposición deberá pasar por los respectivos debates en el Senado de la República.
Hasta la fecha, alrededor del 50 % de las propuestas de la reforma liderada por el presidente Gustavo Petro y el Ministerio de Salud han sido aprobadas. Aun así, temas controversiales como la eliminación de las Entidades Prestadoras del Servicio de Salud (EPS) siguen en discusión.
El presidente Petro, rompiendo su silencio sobre un controvertido "mico" en la reforma, respaldó la denuncia de la congresista Catherine Juvinao. La modificación en el artículo 42 abriría la puerta a la elección a dedo de gerentes de hospitales departamentales, según Juvinao. Petro hizo un llamado al Congreso para que no apruebe esta modificación, enfatizando que los directores de centros de salud públicos deben ser nominados a través de procesos de selección rigurosos para evitar el clientelismo y promover la transparencia en el sistema de salud del país.